Chỉ thị số 39 của Thủ tướng Chính phủ đã công bố việc triển khai hệ thống thu phí điện tử liên tục là nhiệm vụ bắt buộc cần có sự tham gia của hàng loạt bộ, ngành để đẩy nhanh tiến độ. Đây là hình thức thu phí tự động, các phương tiện giao thông đường bộ không cần dừng, trả phí khi đến trạm. ——Thủ tướng Chính phủ đã chỉ đạo Bộ GTVT dừng thu phí đầu thu điện tử đối với các trường hợp thu phí không sử dụng trạm. Yêu cầu này đã tồn tại từ năm 2019, nhưng phải được “cập nhật” nhiều lần. Bộ Giao thông Vận tải hồi tháng 6 cho biết đang trình Thủ tướng Chính phủ rà soát, điều chỉnh tiến độ tổng thể hệ thống thu phí không dừng đến đầu năm 2021. Ngày 17/6, Thủ tướng Chính phủ đã có quyết định về việc hệ thống thu phí trạm đang vận hành và không có hệ thống thu phí điện tử. Hệ thống bãi đậu xe đã được lắp đặt và phải chuyển sang phương thức thu phí mới trước ngày 31 tháng 12 năm 2020. Ngoài ra, Chỉ thị 39 chỉ rõ đơn vị đăng kiểm phương tiện thực hiện gắn thẻ thu phí điện tử không dừng (xác minh bến và chia sẻ dữ liệu phương tiện để đảm bảo Dữ liệu xe được đồng bộ hóa). Bộ Công an, Bộ Tài chính, Ngân hàng Quốc gia và các vấn đề liên quan phải nhanh chóng tháo gỡ khó khăn, vướng mắc của nhà đầu tư, tiếp tục đầu tư hệ thống thu phí điện tử. Kết nối đồng bộ, ký kết phụ lục hợp đồng BOT với nhà đầu tư … để đảm bảo điều phối lợi ích của các bên liên quan.

Thủ tướng Chính phủ cũng chỉ đạo Bộ Công an phối hợp với các bộ, ngành tổ chức thực hiện phân luồng thu phí điện tử không thường trực, hướng dẫn các phương tiện qua các trạm thu phí; trích xuất dữ liệu hình ảnh các trạm này để dán nhãn cho các bến chưa dán nhãn Mức phạt các phương tiện.

Các ngân hàng thương mại có trách nhiệm liên kết tài khoản ngân hàng của họ với tài khoản thu phí của chủ xe ô tô, đảm bảo kết nối tài khoản và xử lý tiền lãi của chủ xe đối với các tài khoản không liên quan đến thẻ và ngừng thu phí điện tử theo quy định của pháp luật.